ГОМОЛОГИ ГЛОБАЛЬНОГО РЕГУЛЯТОРНОГО ГЕНА bldD У ACTINOPLANES: АНАЛІЗ IN SILICO

Анотація

Продуцентом глікопептидного антибіотика тейкопланіну, який використовують як “останню лінію оборони” проти мультирезистентних коків, є бактерія Actinoplanes teichomyceticus. Кластер генів біосинтезу цього антибіотика (tcp) клоновано вісім років тому. Тим не менше, на даний момент немає даних про регуляцію біосинтезу цієї сполуки і загалом про геномну організацію, оскільки до недавнього часу не проводилися генетичні маніпуляції зі штамами A. teichomyceticus. У актиноміцетів глобальні регуляторні bld-гени координують як морфогенез, так і синтез антибіотиків.
У Streptomyces coelicolor ідентифіковано більше 10 bld-локусів, і вони формують так званий каскад bld-генів, який дає змогу стрептоміцетам адаптуватися до мінливих умов середовища. Ген bldD кодує білок, розміщений у кінці сигнального каскаду. Його продукт – ключовий репресор генів морфологічної диференціації та антибіотикоутворення протягом вегетативного розвитку. У статті ми описуємо аналіз геному A. teichomyceticus на присутність компонентів bld-каскаду та детальніший аналіз причетності BldD до регуляції біосинтезу тейкопланіну. У роботі використано раніше описані в геномах стрептоміцетів консенсусні послідовності операторів, з якими взаємодіє білок BldD. Декілька ймовірних операторів BldD знайдено у межах tcp-кластера, що свідчить про його регуляцію за допомогою BldD. Використовуючи підходи порівняльної геноміки, ми виявили усі гени BldD-каскаду в частково секвенованому геномі A. teichomyceticus. Загалом, наші дані вказують на те, що BldD-залежна регуляція присутня не лише у видах роду Streptomyces, але й у представників роду Actinoplanes.