ОПТИМАЛЬНІ МОДЕЛІ ЗАМІЩЕННЯ НУКЛЕОТИДІВ І АМІНОКИСЛОТ У ПОСЛІДОВНОСТЯХ, ЩО ПОХОДЯТЬ З АКТИНОБАКТЕРІЙНИХ РОДІВ

Анотація

Бактерії роду Streptomyces становлять один із найбільших і найдетальніше вивчених таксонів. Вони відомі як джерела малих молекул, що виявляють активність проти бактерій, червів, пухлин і т. д. У даний час більше сотні стрептоміцетних і більше 1000 актинобактеріальних геномів доступні через GenBank, і це число швидко зростає. Багатство секвенованих даних відкриває двері для всіх видів молекулярноеволюційних аналізів у межах актинобактерій. Тим не менш, щоб бути правильними і значущими, такі аналізи мають базуватися на адекватних моделях заміщення – наборі правил (у вигляді таблиць), які пояснюють, як символи (нуклеотидні або амінокислотні залишки) замінюють один одного в часі. Досі не представлено підбір оптимальних моделей заміщення для GC­багатих актинобактеріальних геномів, тому наша робота має на меті заповнити цю прогалину. Тут ми порівняли кілька вибірок різних генів і білків та провели пошук моделей заміщення, які найкраще описують наш набір даних.

Ключові слова: Streptomyces, моделі заміщення, еволюція.