CTAB VERSUS COLUMN-BASED EКСТРАКЦІЯ ДНК ЗІ СТАРИХ ГЕРБАРНИХ ЗРАЗКІВ

Jannes Höpke, Dirk C. Albach

Анотація


Гербарні зразки стали основним джерелом інформації під час молекулярних досліджень біорізноманіття, оскільки використання їх дає можливість подолати проблему недоступності зразків, необхідних для розв’язання безлічі різноманітних питань. Однак отримання хороших зразків ДНК старих гербарних зразків все ще є складним завданням. Метою цього проекту було тестування різних способів вилучення ДНК зі старого гербарного матеріалу, в якому ДНК часто виявляється високофрагментованою. Було проведено порівняння методів вилучення ДНК з двох лабораторій: Лабораторії Джодрелла у Королівському ботанічному саду К’ью, Великобританія (де використовувався метод із цетилтриметиламоній бромідом – (CTAB) за модифікованим протоколом шляхом подальшого очищення з твердофазними реверсивними іммобілізаційними кульками (= SPRI), парамагнітними полістироловими кульками, покритими шаром магнетиту, і карбоксильних молекул, які можуть зв’язувати ДНК за наявності поліетиленгліколю та солі), та лабораторії професора доктора Хано Шефера з Технічного університету Мюнхен-Фрайзінг, Німеччина (де застосовувався метод, який базується на колонковому силікагелі за модифікованим протоколом міні ДНК екстракції «NucleoSpin II Plant»). Обидві лабораторії мають великий досвід у вилученні ДНК зразків гербарію. Наші результати свідчать, що під час застосування методів, які базуються на колонковому силікагелі, виникає менше проблем із забрудненням полісахаридами та поліфенольними сполуками. Враховуючи практичні міркування, методика на основі колонок краща, особливо якщо намагатися зменшити кількість використаної листкової тканини, оскільки обробка крихітних гранул робить застосування CTAB складним.

Ключові слова


CTAB, екстракція ДНК, парамагнітні кульки, колонковий силікагель, гербарій

Повний текст:

PDF (English)

Посилання


Blair C., Campbell C.R., Yoder A.D. Assessing the utility of whole genome amplified DNA for next-generation molecular ecology // Mol. Ecol. Res. 2015. Vol. 15. P. 1079–1090. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12376

Carr S.M., Griffith O. M. Rapid isolation of animal mitochondrial DNA in a small fixed-angle rotor at ultrahigh speed // Biochem. Genet. 1987. Vol. 25. P. 385–390. https://doi.org/10.1007/BF00554547

Chomicki G., Renner S.S. Watermelon origin solved with molecular phylogenetics including Linnaean material: another example of museomics // New Phytol. 2015. Vol. 205. P. 526–532. https://doi.org/10.1111/nph.13163

DeAngelis M.M., Wang D.G., Hawkins T.L. Solid-phase reversible immobilization for the isolation of PCR products // Nuc. Acids Res. 1995. Vol. 23. P. 4742. https://doi.org/10.1093/nar/23.22.4742

Dodsworth S. Genome skimming for next-generation biodiversity analysis // Trends Pl. Sci. 2015. Vol. 20. P. 525–527. https://doi.org/10.1016/j.tplants.2015.06.012

Dormann C.F., Kühn I. Angewandte Statistik für die biologischen Wissenschaften. Helmholtz Zentrum für Umweltforschung-UFZ 2, 2009, accessed 11 June 2018.

Doyle J., Doyle J. Isolation of plant DNA from fresh tissue // Focus. 1990. Vol. 12. P. 13–15.

Dunn O.J. Multiple comparisons using rank sums // Technometrics. 1964. Vol. 6. P. 241–252. https://doi.org/10.1080/00401706.1964.10490181

Dwivedi M., Barfield S., Pandey A., Schäfer H. Phylogeny of Zehneria (Cucurbitaceae) with special focus on Asia // Taxon. 2018. Vol. 67. P. 55–65. https://doi.org/10.12705/671.4

Kenyon L., Lebas B., Seal S. Yams (Dioscorea spp.) from the South Pacific Islands contain many novel badnaviruses: implications for international movement of yam germplasm // Archives Virol. 2008. Vol. 153. P. 877–889. https://doi.org/10.1007/s00705-008-0062-5

Klokov M.V. De Veronicis spicatis // Nov. Sist. Vyss. i Nizsh. Rast. (Kiev). 1976. Vol. of 1975. P. 92–111. (In Russian, with Latin descriptions and diagnoses).

Knapp M., Clarke A. C., Horsburgh K. A., Matisoo-Smith E.A. Setting the stage–building and working in an ancient DNA laboratory // Ann. Anatom. Anz. 2012. Vol. 194. P. 3–6. https://doi.org/10.1016/j.aanat.2011.03.008

OPS Diagnostics. Isolation of Plant DNA using CTAB Protocol with a Spin Column. https://opsdiagnostics.com/notes/protocols/spin_column_plant_protocol.html, 2018, accessed 12 June 2018.

Ostapko V.M. New species of Galium L. (Rubiaceae) and Veronica L. (Scrophulariaceae) from the south-east of Ukraine // Ukr. Bot. Zhurn. 1994. Vol. 51. P. 84–91. (In Ukrainian).

Ostapko V.M. New nomenclatural combinations and a new name in Pseudolysimachion (Plantaginaceae s.l. = Veronicaceae s. str.) and Phlomoides (Lamiaceae): taxa occurring in Ukraine // Ukr. Bot. Zhurn. 2014. Vol. 71. P. 673–675. https://doi.org/10.15407/ukrbotj71.06.673

Schäfer H., Heibl C., Renner S.S. Gourds afloat: a dated phylogeny reveals an Asian origin of the gourd family (Cucurbitaceae) and numerous oversea dispersal events // Proc. Royal Soc. London B: Biol. Sci. 2009. Vol. 276. P. 843–851. https://doi.org/10.1098/rspb.2008.1447

Staats M., Cuenca A., Richardson J. E., Vrielink-van Ginkel R., Petersen G., et al. DNA damage in plant herbarium tissue // PLoS ONE 2011. Vol. 6. P. e28448. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0028448

Thermo Scientific (2013) 260/280 and 260/230 Ratios. T042-Technical Bulletin Nano Drop Spectrophotometers Rev. 2/09, http://www.nhm.ac.uk/content/dam/nhmwww/ our-science/dpts-facilities-staff/Coreresearchlabs/nanodrop.pdf, accessed 20.04.2018

Turaki A., Ahmad B., Magaji U., Abdulrazak U., Yusuf B., et al. Optimised cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) DNA extraction method of plant leaf with high polysaccharide and polyphenolic compounds for downstream reliable molecular analyses // African J. Biotech. 2017. Vol. 16. P. 1354–1365. https://doi.org/10.5897/AJB2017.15942




DOI: http://dx.doi.org/10.30970/vlubs.2018.78.04

Посилання

  • Поки немає зовнішніх посилань.


Bookmark and Share